Вариант по поводу "что делать с остальными" - галочка "индексировать все" и возможность оператору принудительно проиндексировать нужный ему файл руками.
И папку в онэйр не обязательно же задавать каждый раз, она может быть уже задана

А вообще, я тут поразмышлял - ну и говорил уже, когда вещание в промышленных масштабах в MPEG2 - HotFolder (т.е. в нашем случае папочка с натравленным на неё автоиндексером) рулит. Может быть просто сделать в интерфейсе OnAir возможность запустить ручной индексер на требуемый файл?
Т.е. есть папка с файлами, там отображаются и avi, и mpg, просто возле непроиндексированных mpg висит значок "error". И есть возможность, например, щелкнуть правой кнопкой мышки по mpg-файлу, и сказать "Индексировать". Без необходимости запускать отдельный индексер и скармливать ему нужный файл.
Так, по-моему, будет оптимально:
- Нужно много файлов - папочка, автоиндексер, все довольны
- Нужно один файл - из OnAir, не запуская для этого отдельной проги - ну или может запуская, но опосредованной, юзер этого не видит.
Что до "лишних" программ - дело не в том, мешает или нет, я говорил о тенденции - уж больно их много становится...